Rumitnya proyek kereta cepat Jakarta-Bandung menguak terhambatnya sejumlah proyek kereta atau transportasi berbasis rel lain di Indonesia. Proyek kereta api nasional dikatakan hanya mengandalkan warisan Hindia Belanda. Proyek di luar pulau Sumatera dan Jawa kerap terhambat karena pembebasan lahan hingga ditinggal investor.
Selain kereta cepat Jakarta-Bandung, proyek kereta Borneo di Kalimantan batal terlaksana karena ditinggal investor Rusia. Sementara itu, proyek kereta di Makassar tertunda karena masalah pembebasan lahan dan dana ditarik pusat karena prioritas lain.