A.M. Hendropriyono menyebut pernah menggalang Pimpinan Pondok Pesantren (Ponpes) Al-Zaytun Panji Gumilang untuk meredam rekrutmen Negara Islam Indonesia saat dirinya menjabat sebagai Kepala Badan Intelijen Negara (BIN). Namun, Hendro membantah menjadi beking Panji.
Belakangan ini, Panji dan Ponpes Al-Zaytun menuai kontroversi karena dugaan pelanggaran administrasi dan aturan, termasuk isu keterkaitannya dengan NII.